基质栽培法：养殖水体直接与基质培的灌溉系统连接，养殖区排放的废液直接以滴灌的方式循环至基质槽或者栽培容器，经由栽培基质过滤后，又把废水收集返回养殖水体，这种模式设计更为简单，用灌溉管直接连接种植槽或容器形成循环即可。大多用于瓜果等较为高大植物的基质栽培，需注意的地方是，栽培基质必须选质如豌豆状大小的砾石或者陶粒，鱼菜共生技术，这些基质滤化效果好，不会出现过滤超载而影响水循环，不宜用普通无土栽培的珍珠岩、蛭石或废菌糠基质，这些基质因排水不好而容易导致系统的生态平衡破坏。
系统运行过程
在水循环中，把水中的剩余鱼食、粪便等过滤收集在反应器中，并经过有压厌氧的微生物发酵。在发酵后会有氮氨等元素的形成，在进入到硝化菌区进行分解，转化成可以作物植物吸收的成分。
⑵硝化种植系统
系统基本结构
在整个---种植系统包括种植管、硝化球、发酵分解过滤袋等设备和结构单元构成，实现对于大分子有机物的收集、发酵、分解硝化和植物吸收的作用。
在鱼菜共生系统中，菜的种植就是采用就是水培、雾培以及基质培，在这里的基质培只能选用岩棉基质。对于水培与雾培来讲，它营养成分主要是来源养殖中鱼的粪便进行一系列的发酵，形成作物生长需要的肥料。这个与传统的无土栽培基本类似，经过植物吸收后，还会流入到养殖区域，不过经过种植设施的水需要经过过滤处理，才能再次流入到养殖区域中。
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